Ved Institut for Medicinsk Mikrobiologi og Immunologi arbejdes med forskning, undervisning samt formidling og deling af viden med det omgivende samfund og erhvervsliv.

Der er 8 forskningsgrupper ved instituttet, som dækker basale og anvendte problemstillinger inden for emneområderne bakteriologi, virologi og immunologi. Alle forskningsgrupper har såvel internationale som nationale samarbejdspartnere. Forskningen finansieres helt overvejende af eksterne midler, som tilvejebringes af forskningsgruppernes ledere. Instituttet har tilknyttet mange studerende, der vejledes i forskning under deres bachelor- eller kandidatuddannelse eller under et treårigt ph.d.-studieforløb.

Instituttet underviser medicinstuderende i fagområdet mikrobiologi, immunologi, infektionsmedicin og klinisk immunologi i samarbejde med læger fra Århus Universitetshospital, Skejby. Endvidere underviser instituttet tandlægestuderende i mikrobiologi samt studerende på molekylær medicin uddannelsen i faget medicinsk mikrobiologi og immunologi.

Flere forskningsgrupper ved instituttet har projektsamarbejde med erhvervslivet ligesom instituttets medarbejdere bidrager med formidling af forskning til samfundet.